يتميز كتاب معجم كلمات القرآن العظيم بإبراز الكلمة أولاً ثم يأتي بالآية التي وردت فيها ورقمها وسورتها مع تمييز موضع الشاهد في الآية باللون الأسود، ليسهل تعرّفها للقارئ بشكل سلس.