قام الدكتور محمد أمين فرشوخ بتقديم أشهر مؤلفاته ألا وهو كتاب المدخل إلى علوم القرآن والعلوم الإسلامية، حيث له العديد من المؤلفات والأبحاث ذو قيمة كبيرة منها أبحاث في التراث وفي قضايا المجتمع المدني وفي الأدب واللغة، بالإضافة إلى أنه حقق وترجم وشارك في ندوات وأبحاث كثيرة.