قام الدكتور محمد أمين فرشوخ بتقديم أشهر مؤلفاته ألا وهو كتاب المدخل إلى علوم القرآن والعلوم الإسلامية، حيث له العديد من المؤلفات والأبحاث ذو قيمة كبيرة منها أبحاث في التراث وفي قضايا المجتمع المدني وفي الأدب واللغة، بالإضافة إلى أنه حقق وترجم وشارك في ندوات وأبحاث كثيرة.

كتاب المدخل لدراسة القرآن الكريم من الكتب المميزة والفريدة فهو ليس بالطويل الممل ولا بالقصير المخل، ويعتبر مرجع أساسي لطلاب علوم القرآن بقسم الدراسات العليا، فقد ناقش موضوعات هامة كـ أول ما نزل من القرآن وآخر ما نزل منها، وأيضًا وضح الكتاب أسباب النزول وغيرها من الأمور.