ناقش كتاب تأويل مُشكل القرآن عدة موضوعات بشرح مبسط ومختصر، ومن تلك الموضوعات الكناية والتعريض وأنواع الكناية، ولها مواضع، بالإضافة إلى مناقشة ما ادعي على القرآن من اللحن، وأيضًا الدعاء على جهة الذم لا يراد به الوقوع وغيرها من الأمور.