من أبرز المحاور التي يتناولها الكتاب: هل يوجد إله؟ من خلق الله؟ شبهات الربوبيين والغاية من الخلق، لماذا يكون الإيمان بالغيب؟ شبهات حول وحدانية الله، لماذا خلقنا الله وهو لا يحتاجنا؟ شبهات حول البعث واليوم الآخر.
كتاب المعين لحفظ القرآن العظيم يعدد من الدرر والجواهر، فهو من الكتب التي تعتني ببيان سبب التشابه بالمعاني، مرتبة وفقا لترتيب السور والآيات، وهو يفيد حفاظ القرآن ويعينهم على ضبط محفوظهم.