كتاب العقائد الباطنية وحكم الإسلام فيها هو ضمن سلسلة من البحوث كتبها مجموعة من المفكرين والباحثين عن عقيدة وحقيقة مذهب الشيعة من خلفيات متنوعة ومتعددة، والهدف منها بيان أن عقائد الشيعة التي تنكرها ثابتة عند كل الباحثين، ومقصد آخر هو هدم زعم الشيعة أن السلفيون أو الوهابيون هم فقط الذين يزعمون مخالفة الشيعة للإسلام.
يناقش كتاب شرح الأصول الثلاثة والأصول الستة العلم ومراتب الإدراك، وأيضًا الفرق بين الرحمة والمغفرة مع ذكر شرح المسائل الأربع، بالإضافة إلى تعريف الهجرة وحكمها والدليل ومراتب الإيمان وغيرها من الأمور.