ناقش كتاب الحقيقة المحمدية أم الفلسفة الأفلوطينية جذور عقيدة باطنية صوفية نشأت متأخرة، بعد أن اختلطت عقائد بعض المسلمين بروافد أجنبية، وهذه العقيدة هي ما يُعرف عند غلاة الصوفية باسم : (الحقيقة المحمدية) أو (النور المحمدي)، وقد أورد المؤلف الأصول العقدية والفلسفية التي استقى منها الصوفية تلك العقيدة الباطلة، والمخالفة للإسلام.